مصطفی نخعی در مردادماه ۱۳۶۰ در خانواده‌ای مذهبی و اصیل و در شهرستان زاهدان، استان سیستان و بلوچستان به دنیا آمد. در سال ۱۳۷۴ پس از قبولی در آزمون ورودی، وارد دبیرستان دانشگاه زاهدان شد و پس از فارغ‌التحصیلی از دبیرستان، به دلیل علاقه‌مندی به رشته مهندسی مکانیک با گرایش ساخت و تولید، به دانشگاه مازندران (دانشگاه صنعتی بابل) رفت.

پیش از ورود به مجلس شورای اسلامی، دکتر نخعی در حوزه انرژی فعالیت داشت. وی به‌عنوان معاون فنی و عملیاتی شرکت ملی پخش فرآورده‌های نفتی در منطقه تربت حیدریه و همچنین مدیر شرکت ملی پخش فرآورده‌های نفتی استان سیستان و بلوچستان فعالیت کرده است.